Когда налогоплательщик впервые регистрируется в качестве самозанятого, ему предоставляется налоговый вычет в размере 10 тысяч рублей. 
При этом оплатить начисления налога на профессиональный доход только за счет этих средств невозможно. Налоговый вычет – это не полное освобождение от уплаты НПД, а частичное уменьшение суммы:
на 1% от дохода в отношении налога, исчисленного по налоговой ставке в размере 4 %;
на 2% от дохода в отношении налога, исчисленного по налоговой ставке в размере 6 %.
Оставшуюся часть налогоплательщик должен уплатить в бюджет самостоятельно.
Налог на профессиональный доход начисляется автоматически и отражается в мобильном приложении «Мой налог» не позднее 12 числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом. Уплатить налог необходимо не позднее 28 числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом:
через приложение «Мой налог» или веб-кабинет «Мой налог» с использованием банковской карты;
в мобильном приложении банка или на сайте любого платежного сервиса по платежным реквизитам из квитанции или отсканировав QR-код из нее;
через Единый портал государственных и муниципальных услуг;
в составе Единого налогового платежа через «Личный кабинет налогоплательщика для физических лиц», «Личный кабинет индивидуального предпринимателя»;
с помощью сервиса ФНС России «Уплата налогов и пошлин».
Кроме того, для уплаты налога можно лично обратиться с квитанцией в любой банк, воспользоваться банкоматом или платежным терминалом, а также передать поручение банку или оператору электронных площадок на уплату налога от имени самозанятого, если он формирует чеки через приложение соответствующего банка или оператора электронных площадок.
Для удобства уплаты налога в мобильном приложении «Мой налог» и веб-кабинете «Мой налог» в разделе «Платежи» реализована возможность подключения автоплатежа.