Выездная налоговая проверка является крайней мерой налогового контроля и подразумевает глубокое изучение деятельности проверяемого лица, выявление серьезных недочетов.
В Забайкалье только в отношении 0,05% от общего количества налогоплательщиков, состоящих на учете, проводятся выездные налоговые проверки. За восемь месяцев 2024 года в регионе проведено 18 таких проверок.
До включения юридических лиц и индивидуальных предпринимателей в график проведения выездных налоговых проверок специалисты УФНС России по Забайкальскому краю проводят мероприятия налогового контроля:
    1. Предпроверочный анализ. Позволяет оценить обоснованность проведения проверки по критериям. Налогоплательщик может самостоятельно выявить и устранить несоответствия. 
    2. Работа по добровольному уточнению налоговых обязательств. Налогоплательщику направляются информационные письма с указанием нарушений и приглашением на комиссию. На данном этапе ЮЛ или ИП могут самостоятельно уточнить налоговые обязательства, а также обратиться в налоговый орган для рассмотрения спорных вопросов.
Выездная налоговая проверка проводится в случае отказа налогоплательщика от дачи пояснений или добровольного уточнения налоговых обязательств. Даже во время проверки налогоплательщик может минимизировать риски, предоставив подтверждающие документы по операциям. 
Налогоплательщик вправе раскрыть сведения, позволяющие установить лицо, осуществившее фактическое исполнение по сделкам с реальным исполнителем (если имел место формальный документооборот с «технической» компанией), чтобы получить возможность применения налоговых вычетов и учесть фактические расходы, понесенные по спорным операциям.